Akvariume pristatomos keturios ekosistemos: gėlavandenė, Baltijos jūros, Šiaurės jūros ir tropinių jūrų. Įrengtas 18 metrų ilgio akrilo tunelis, leidžiantis pažinti jūros povandeninį pasaulį – virš lankytojų galvų plaukioja eršketai, kurie į Klaipėdą atvežti prieš 15 metų iš Volgos žiočių ir dabar siekia beveik 2 metrų ilgį.

Lietuvos jūrų muziejaus Laivybos istorijos ekspozicijos įrengtos Nerijos forte, kur eksponuojama didžiausia Lietuvoje inkarų kolekcija. Po pylimais esančiuose šaudmenų saugyklose – poternose, apšaudymo iškyšose – kaponierėse įrengtose ekspozicijose pasakojama apie Lietuvos laivyną, didžiausias laivų katastrofas, burlaivių epochos ženklus Klaipėdoje, nežinomus Lietuvos jūrinės istorijos puslapius.